Česko ve výzkumu a vývoji výrazně zaostává za průměrem Evropské unie. Výdaje, které na něj vynakládá, od roku 2014 klesají, zatímco ve zbytku Evropy rostou. Česko se tak spíše drží nepopulárního statutu montovny, než progresivně rostoucí inovační ekonomiky. Co s tím? Vláda v nové hospodářské strategii naznačila, že by mohla reformovat daňové úlevy, které stát firmám poskytuje na výzkum a vývoj.
Pouze 1,8 % svého hrubého domácího produktu vynakládá Česko na výzkum a vývoj. Průměr EU přitom dosahuje 2,2 %. Ještě horší zprávou je, že podíl českých výdajů od roku 2014 klesá. Česko se tak v oblasti výzkumu a vývoje Evropě vzdaluje, místo aby se k ní přibližovalo.
Česko přitom má nástroje, jak firmy zabývající se výzkumnými aktivitami podpořit. Podle Hospodářské komory i jednotlivých firem je ale jejich využití příliš komplikované. A i množství tvrdých kontrol, které do této oblasti cílí, podniky odrazuje od toho, aby úlevy využívaly.
Řeč je především o daňových odpočtech na výzkum a vývoj. Od základu daně z příjmů si díky nim mohou firmy odečíst 150 % celkových nákladů na výzkum a vývoj, a to až do limitu 50 milionů korun ročně. Z výdajů nad tento limit lze uplatnit odpočet ve výši 100 %. „Jde o poměrně významnou podporu, protože odpočet není limitovaný pevnou částkou,“ říká daňový poradce kanceláře Rödl Tomáš Jirásek.
Zároveň ale připouští, že uplatnit odpočet správně, není snadné. „Požadavky, které jsou dané zákonem, samy o sobě nejsou úplně jednoduché a je navíc náročné je obhájit při daňové kontrole,“ vysvětluje Jirásek.
Mohlo by vás zajímat
Firmy odrazuje administrativa
Proč odpočty drhnou? Firmy, především malé a střední, se potýkají s řadou překážek: nedostatek kvalifikovaných pracovníků, vysoké mzdové náklady, omezené personální a časové kapacity a především složitá administrativní zátěž spojená s přípravou projektové dokumentace a vedením oddělené evidence nákladů. Bez těch přitom daňový odpočet uplatnit nejde.
„Daňový odpočet považuji za koncepčně správný nástroj, ale jeho využívání stojí a padá s mírou právní jistoty a administrativní náročnosti. Pokud podnik musí vynaložit značné kapacity na přípravu dokumentace a zároveň čelí nejistotě ohledně budoucího daňového posouzení, přirozeně zvažuje, zda mu tato cesta stojí za realizaci s ohledem na rizika,“ říká tajemník Hospodářské komory České republiky Ladislav Minčič.
„Ani drazí konzultanti nás před kontrolou neochránili“
Své zkušenosti s uplatňováním daňových odpočtů na výzkum a vývoj popsal Ekonomickému deníku generální ředitel společnosti DG Solutions Pavel Filák. Jeho firma patří k těm odvážnějším. Odpočty využívá, z daní si takto odečítá desítky milionů korun.
„Využíváme externí konzultanty, aby nám nastavili potřebná pravidla a procesy. A stejně tady několik interních zaměstnanců sedělo několik měsíců na plný úvazek jen nad odpočty,“ popisuje Filák a pokračuje: „Myslím, že je v Česku spousta firem, které by odpočty rády využily, pokud by administrativní zátěž byla nižší. Za současných podmínek se jim to ale nevyplatí.“
Podle Filáka musela firma přizpůsobit požadavkům finančního úřadu celý interní reporting. Nejde přitom o žádný jednoduchý výkaz. Projektová dokumentace bývá velmi rozsáhlá. Firmy musí také pravidelně hodnotit postup řešení a mít záznamy o průběhu prací. Projektový tým se musí scházet v pravidelných intervalech a uchovávat veškeré dokumenty o své činnosti.
„Stát se nás de facto snaží přesvědčit, že on si myslí, že naše činnost není ve skutečnosti výzkum a vývoj. A my musíme doložit, že je,“ upozorňuje Filák. Aby předešla problémům, rozhodla se DG Solutions na přípravě odpočtů, i za cenu vyšších nákladů, spolupracovat s renomovanými konzultanty. „I tak se nám ale kontrola finančního úřadu nevyhnula,“ říká ředitel.
Co je skutečně výzkum?

Hlavními body sporu mezi podnikateli a finančními úřady navzdory několika novelám zákona zůstává prokazování prvku novosti a existence výzkumné či technické nejistoty. Právě tyto znaky podle soudních rozsudků oddělují skutečný výzkum a vývoj od běžné inovační či servisní činnosti.
Jirásek popisuje, jak komplikované to může v praxi být: „Pamatuji si případ, kdy společnost testovala léky, dostala na to zakázku od někoho jiného, a pak na tento projekt uplatňovala odpočty na výzkum a vývoj. Soud poté rozhodl, že při tomto nastavení firma nenesla žádnou výzkumnou nejistotu. Její činnost tudíž nebyla výzkumem a vývojem, ale pouhou službou.“
Podle finanční správy jsou právě podobné situace jedním z častých problémů. „Typické jsou případy, kdy je poplatník zapojen do širšího výzkumného projektu, ale jeho role spočívá pouze v dílčích, rutinních činnostech prováděných podle předem stanovené metodiky jiného subjektu. Taková práce nepředstavuje samostatný výzkum nebo vývoj a nárok na daňový odpočet v tomto případě nevzniká,“ vysvětluje Patrik Madle z Generálního finančního ředitelství.
Účelové projekty „na míru“ odpočtu
Finanční správa se podle Madleho při kontrolách setkává i s případy, kdy jsou projekty výzkumu a vývoje vytvářeny účelově. „Externí firma za úplatu připraví projekt výzkumu a vývoje takzvaně ‚na míru‘. Cílem bývá nabídka daňové optimalizace, kdy se v běžné činnosti poplatníka najde aktivita, u které lze alespoň formálně deklarovat naplnění znaků výzkumu a vývoje,“ popisuje.
Za takové poradenství si podle něj firmy často účtují odměnu stanovenou procentem z dosažené daňové úspory.
To, že někteří daňoví poplatníci rádi „testují hranice odpočtu“ připouští také Jirásek. „Setkal jsem se například s pokusem zahrnout administrativní činnosti do nákladů projektu, což je přitom výslovně vyloučeno metodickým pokynem,“ uvádí příklad.
Lpění na formalitách
Na druhou stranu ale dokážou finanční úřady při kontrolách zamítnout daňový odpočet i kvůli formalitám. Dříve to bylo i třeba kvůli tomu, že na jednom z mnoha dokumentů chyběl popis nebo se úředníkům zdál nedostatečný či příliš obecný popis cílů výzkumného projektu.
„To se sice trochu zlepšilo ustanovením z roku 2024, že je možné náležitosti projektu prokázat i jiným způsobem. Přesto to ale neznamená, že v projektu mohou chybět. Jakmile chybí, finanční úřad odpočet zamítne,“ tvrdí Jirásek.
Projekt musí být dopředu promyšlený
Za zásadní bod pro uplatnění odpočtu finanční správa pokládá kvalitu projektové dokumentace. Ta je totiž základním důkazem, že firma skutečně provádí výzkum a vývoj.
„Pro možnost uplatnění odpočtu je mimo jiné zásadní, aby každý poplatník stanovil cíl projektu, způsob kontroly a hodnocení postupu řešení a dosažených výsledků. Z těchto informací musí být zřejmé, že činnost je skutečně předem promyšlená, plánovaná a splňuje znaky výzkumu a vývoje,“ vysvětluje Madle.
Poplatníci se podle něj v praxi často potýkají s nedůsledným vedením oddělené evidence výdajů vynaložených na výzkum a vývoj zahrnovaných do odpočtu.

Snaha upravit pravidla
Rozličné vlády se v minulých letech několikrát pokusily upravit problematická pravidla pro uplatňování odpočtů. V roce 2019 například přišla novela, která zavedla takzvané avízo uplatnění odpočtu. Jde o povinné oznámení finančnímu úřadu, kterým poplatník deklaruje záměr uplatnit odpočet za dané zdaňovací období a vymezuje v něm cíle projektu, popis novosti a předpokládané náklady. Podle daňových poradců šlo o významný posun. „Avízo dalo větší právní jistotu jak firmám, tak daňové správě, od jakého termínu je možné náklady vynaložené na výzkum a vývoj zahrnovat do odpočtu,“ říká Jirásek z poradenské kanceláře Rödl.
Podnikatelé pak oceňují především novelu účinnou od letošního ledna. Ta přinesla mimo jiné zvýšení odpočtu na 150 % celkových nákladů. „Pro firmy s reálným výzkumem a vývojem, jako je naše společnost, novela znamená vyšší daňovou úsporu a jasný signál státu, že tento nástroj chce podporovat,“ říká Pavel Filák z DG Solutions.
Navzdory vylepšením ale chuť podniků uplatňovat odpočty na výzkum a vývoj dlouhodobě klesá. Podle zatím posledních dat Českého statistického úřadu využilo v roce 2023 daňový odpočet na výzkum a vývoj 731 soukromých podniků, což byl nejnižší počet od roku 2010. Celkově díky této podpoře na daních ušetřily 2,7 miliardy korun. I to ale podle statistiků znamená výrazný propad. Částka je o 12 procent nižší než v roce 2022.
I to je jeden z důvodů, proč se nová vláda premiéra Andreje Babiše plánuje odpočty opět zabývat. Podle své hospodářské strategie je plánuje zatraktivnit zejména pro malé a střední podniky. Konkrétní plán ale zatím nepředstavila.
Co by uvítali podnikatelé?
Podle Hospodářské komory by měla být podpora inovací především nástrojem rozvoje konkurenceschopnosti českých firem, nikoliv testem jejich administrativní odolnosti. „U daňového odpočtu jde zejména o rozsah projektové dokumentace, formální náležitosti oznamování projektů a celkovou složitost prokazování podmínek odpočtu. Cílem by mělo být, aby firmy nemusely prokazovat stejná fakta opakovaně různým způsobem,“ říká Minčič.
Za zásadní považuje také srozumitelnost pravidel a jejich jednotný výklad. Podpora by měla být koncepční a nepodléhat častým změnám.
„Vhodné je se v této souvislosti zamyslet, zda vedle stimulace výdajů na výzkum a vývoj, jehož výsledky se využijí přímo ve firmě, nemotivovat firmy i k tomu, aby více podporovaly základní a aplikovaný výzkum v obecné rovině, tedy i bez bezprostřední vazby na vlastní výrobní programy,“ navrhuje Minčič.
Pavel Filák pak doporučuje především přehodnotit přístup finanční správy ke kontrolám. Méně by podle něj měla „bazírovat“ na formalitách nebo trestat firmy za procesní nedostatky. Za největší bariéru pro uplatnění odpočtů zvláště menšími podniky pak považuje, stejně jako Minčič, vysokou administrativní náročnost této pobídky.
