Zatímco zesnulý papež František byl mnohými vnímán jako reformátor a zastánce marginalizovaných skupin, v oblasti genderové identity a práv transgender osob čelil rostoucí kritice. Po otevřenějším přístupu k požehnání nesezdaných a stejnopohlavních párů přišel v dubnu 2024 razantní obrat: Vatikán v novém dokumentu striktně odmítl změnu pohlaví i ideologii genderu. Dokument vzbudil znepokojení u části věřících, akademiků i uvnitř samotné církve, která je podle kritiků v tomto směru „v těžkém zpoždění za realitou světa“.

Kritika dokumentu Amoris laetitia

V roce 2016 vydal František apoštolskou exhortaci Amoris laetitia, která umožnila přístup ke svátostem pro rozvedené a znovu sezdané katolíky. Tento krok vyvolal nesouhlas čtyř kardinálů, kteří papeži zaslali tzv. dubia – pět otázek žádajících objasnění některých částí dokumentu. Když nedostali odpověď, zveřejnili dopis veřejně. V roce 2017 skupina 62 teologů a akademiků podepsala dokument Correctio filialis, ve kterém obvinili papeže z šíření herezí prostřednictvím Amoris laetitia a dalších výroků.​

Postoj k LGBTQ+ komunitě a požehnání pro nesezdané páry

V prosinci 2023 Vatikán vydal dokument Fiducia supplicans, který povolil kněžím udělovat požehnání párům v „neregulérních“ situacích, včetně stejnopohlavních svazků. Tento krok vyvolal silnou kritiku, zejména v Africe, kde biskupské konference odmítly tyto požehnání jako neslučitelná s učením církve. Kardinál Gerhard Ludwig Müller označil dokument za „rouhačský a blasfemický“.​

Potrat a nájemní vrazi

​Papež František během svého pontifikátu důsledně zastával tradiční postoj katolické církve k potratům. Opakovaně přirovnával umělé přerušení těhotenství k „najatí nájemného vraha“ a zdůrazňoval, že lidský život je třeba chránit od početí až po přirozenou smrt. Tento příměr použil například v roce 2018 během generální audience na Svatopetrském náměstí a znovu v roce 2019 na konferenci „Ano životu“ v Římě. V rozhovoru pro agenturu Reuters v roce 2022 pak uvedl: „Je to lidský život – to říká věda. Morální otázkou je, zda je správné vzít lidský život, abychom vyřešili problém.“ ​

Současně však František prosazoval pastorační přístup k ženám, které potrat podstoupily.

Osobní vstřícnost k trans lidem

​Papež František během svého pontifikátu zaujal k transgender problematice postoj, který kombinoval osobní vstřícnost s institucionálními omezeními. Na jedné straně se setkával s transgender jednotlivci a zdůrazňoval potřebu jejich přijetí a integrace do společnosti. Na druhé straně však Vatikán pod jeho vedením vydal dokument Dignitas infinita, který odsuzuje změnu pohlaví a genderovou teorii jako porušení lidské důstojnosti.

Tento dokument tvrdí, že genderová identita je pevně spojena s biologickým pohlavím a jakékoli pokusy o její změnu jsou v rozporu s přirozeným řádem lidské osoby. Tento postoj vyvolal kritiku ze strany LGBTQ+ komunit a některých teologů, kteří poukazují na nesoulad mezi papežovým osobním přístupem a oficiální doktrínou církve.

Kritika kapitalismu a ekonomických systémů

Papež František často kritizoval současný ekonomický systém a kapitalismus. V encyklice Laudato si‘ z roku 2015 označil globální ekonomický systém za „strukturálně perverzní“ a obvinil ho z vykořisťování chudých a ničení planety. Tyto názory vyvolaly odpor zejména mezi pravicově orientovanými katolíky v USA, kteří ho obvinili z propagace marxismu.